Der Film beschreibt anfänglich das scheinbar zufriedene Leben des Geschichtslehrers Paul de Wit. Von einer unerklärlichen inneren Unruhe getrieben, geht er jedoch nach Paris, um dort für ein Buch über die Französische Revolution zu recherchieren. Zufällig stößt er bei seinen Recherchen auf das Bild eines Mannes, in dem er seinen im Krieg verschwundenen Zwillingsbruder zu erkennen glaubt. Eine obsessive Suche beginnt. Wie ein Thriller aufgebaut, geht es in Bastille um jüdische Identität, aber auch um die Frage nach der Bedeutung historischer Ereignisse.
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